Bots plonge le joueur dans un monde où "l'équilibre du cyberspace est en danger". De nombreux secteurs du monde numérique change des BOTS en virus maléfiques. Le joueur est invité à lutter contre cette invasion. Le jeu permet notamment de commercer et d'acheter des accessoires à combiner à l'infini pour faire évoluer ses engins mécaniques, les "rendre unique" et sauver les mondes numériques.
Les BOTS peuvent accumuler de l'énergie et investir ponctuellement ces réserves afin de se transformer en "Super BOTS", plus puissants, plus rapides et plus grands.